Pour la digestion, oui certainement la flore intestinale qui n'est plus habituée (associée au fait que lait animal et oeufs c'est super lourd à digérer de base), mais les boutons, angines, démangeaisons et autres qui peuvent s'en suivre, je ne pense pas que la "qualité" des produits soient en cause. (même si ça n'arrange évidemment rien si c'est indus)
Ma compagne complète parfois ses repas au boulot par du fromage (local et artisanal parfois), même constat : nausées les heures suivantes (vomissement il y a quelques mois), et poussée de boutons les jours qui suivent.