Alors déjà, tu peux leur dire que ça n'est pas "chimique" (du moins dans le sens borné où ils l'entendent sûrement), mais "biologique". La synthèse de la B12 aujourd'hui se fait via certaines souches de bactéries placées dans des bioréacteurs (des caisses dans lequelles on règle les paramètres environnementaux: humidité, température...) qu'on nourrit de façon optimale. Il y a ensuite des étapes "chimiques" qui consistent à extraire la B12 du milieu puis à la cristalliser (comme on fait pour le sucre).
Avec ça, tu peux leur montrer leur ignorance, mais je doute que ça soit suffisant. J'éviterais de répondre ainsi, puisque les souches bactériennes qui produisent la B12 sont génétiquement modifiées pour produire davantage de B12. Puisqu'ils ont l'air dogmatiques, ils pourraient te répondre là-dessus.
Autre moyen, c'est de les prendre de front sur leurs "convictions": en quoi prendre quelque chose de soi-disant chimique décrédibilise le véganisme?
Tu peux les attaquer sur le fait que tu ne cherches pas une soi-disante "pureté" égoïste visant le "tout naturel", mais que tu souhaites simplement ne plus causer de tort aux animaux. Ce qu'ils ne font pas jusqu'au bout en consommant les produits de l'exploitation des poules ou des vaches (qui n'ont rien de "naturel"), et en rejetant le véganisme pour des raisons aussi futiles que "mé la chymi cé pa bon!".
Autrement dit, rediriger le débat vers la question animale, ce qui est cependant risqué s'ils ne sont pas ouverts à ce sujet.
Autre solution plus simple: parle-leur de la quantité de trucs "chimiques" qu'ils peuvent utiliser, que ce soit dans leur alimentation (additifs alimentaires), dans leurs habits (absolument tout, du plastique jusqu'au cuir en passant par les fibres végétales utilisent des "produits chimiques"), ou pour tout le reste (tous les procédés industriels utilisent des "produits chimiques" dangereux et polluants).
Tu peux combiner cet argument avec le précédent, ça peut être efficace. Par exemple en leur disant que l'impact de la biosynthèse de la B12 est absolument négligeable face à l'impact de leur consommation de produits animaux.
Pour répondre à ta dernière question, les OGM c'est quasi essentiellement soja, maïs, canola(colza), coton. Ils sont tous interdits en France dans les produits directement consommés par l'humain (sauf le coton), mais autorisés pour l'alimentation animale via l'importation.