Pour les populations soumises au joug du Reich, il a aussi des idées sur les religions dont il considère qu'il faut encourager le développement : en juillet 1944, dans une lettre à Kaltenbrunner, il ordonne inutilement (du fait de la perte des territoires sur lesquels ces mesures étaient censées s'appliquer) à ce dernier de développer l'enseignement du Bouddhisme chez les peuples turcs et la religiosité des témoins de Jéhovah chez les peuples slaves78. Cependant, à l'égard de ces derniers, Himmler développe des sentiments ambivalents : il les fait pourchasser, déporter, mais ne peut s'empêcher de les admirer : en effet, pour ce dernier, ils ont des convictions pacifistes très ancrées, qui s'incarnent dans une farouche volonté de résistance aux idéaux nazis et aux mesures que le Reich a pris à leur encontre, volonté de résistance, certes taxée de fanatisme, mais qu'il aimerait bien voir étendue au peuple allemand78.